Senamiesčio pradinė mokykla įkurta 1996 metais, reorganizuojant Adolfo Ramanausko-Vanago   vidurinę mokyklą. Senamiesčio pradinė mokykla įsikėlė į tuo metu veikiančios 3-osios vidurinės mokyklos patalpas. Mokykla įsikūrė senoje pastato dalyje. 1937 metais pastatyta Alytaus trečioji pradinė mokykla. Šį pastatą projektavo ir jo statybai vadovavo inžinierius Vytautas Trečiokas. Vytauto Trečioko suprojektuota mokykla buvo modernesnė už dvi pirmąsias mokyklas: dideli erdvūs koridoriai, patogūs ir platūs laiptai, aukštos lubos, turėjo geriamojo vandens trykšlius.